Nel 1956 Luigi Einaudi (già Presidente della Repubblica) lo definì un «archivio gioiello».

L’ Archivio Storico è prova dell’importanza storica e politica che i monaci Benedettini hanno avuto a Perugia. Comprende preziosi documenti riguardo alla vita monastica, agli atti giuridici, alle cronache, alla contabilità, ai contratti agrari e alle carte personali dei monaci Benedettini. Si compone complessivamente di 1804 unità, che vanno dal 1002 al 1934, e si articola in nove serie archivistiche.

In archivio sono conservati anche alcuni incunaboli. Nella sala di consultazione è collocato, a scaffale aperto, un fondo librario di circa 2500 volumi costituito da opere di consultazione funzionali alla ricerca storica e archivistica.

Qui sono anche conservate due serie complete di Libri Corali, ossia codici di grande formato con testi in latino e musica gregoriana. Questi venivano utilizzati dai monaci per il servizio liturgico nei vari periodi dell’anno.

Una serie è quattrocentesca, realizzata nel periodo 1471-1474 da Pierantonio di Niccolò da Pozzuolo, Giapeco Caporali e i loro collaboratori. La seconda, venne realizzata tra il 1517 e il 1529 con l’impiego di alcuni dei migliori maestri, tra cui Giovanni e Francesco Boccardi, Matteo da Terranova e Aloise da Napoli.

Vale la pena citare anche il materiale musicale, composto da spartiti, manoscritti e stampe. Le musiche riportate sono le più varie: profane, vocali, strumentali e solo in piccola parte sacre, che interessano quasi esclusivamente i secoli XVIII e XIX.