Durante le invasioni napoleoniche venne derubata e smembrata. Venne rimessa insieme dopo il 1815, anche grazie all’opera dei fratelli Mauro e Vincenzo Bini, monaci benedettini ed eruditi. Cominciò così la raccolta e la restituzione dei manoscritti.

Grazie all’impegno di tutti coloro che hanno dedicato tempo ed energie all’impresa, sono stati recuperati circa 60 manoscritti dell’antica biblioteca. A questi se ne sono uniti altri, prodotti da rappresentanti della cultura locale come Francesco Maria Galassi, Giuseppe Belforti e Annibale Mariotti. Questi tomi sono conservati, dato il loro valore, nell’Archivio Storico.